办公室
负责日常的对外联络和来宾的接待工作及馆内各项活动的部署和安排。
主任：赛音

历史部
负责通辽市境内古墓葬的抢救性清理发掘和古遗址的调查，对馆藏文物进行鉴定和研究，对北方民族史特别是契丹史、近现代革命斗争史进行探讨和研究；负责策划与历史有关的大型陈列展览。近年来，参与了如奈曼旗青龙山辽陈国公主墓、库伦1-7号辽墓、金界壕边堡等大型考古发掘，并取得了可喜的成果。
主任：郝维彬

民族部
负责抢救性地征集民族文物，主要是蒙古族民族文物，并对这些文物进行分类、甄别和研究的同时对蒙古史进行侧重研究。
主任：郑呼和

藏品部
主要负责文物的征集、登编和管理及文物照相等，目前正筹备对藏品进行信息化管理。
主任：王瑞青

宣教部
负责开展公关活动，利用各种宣传媒介广泛向社会宣传、推销通辽市民族博物馆举办的大型基本陈列和临时展览；负责讲解员的培训和向观众进行各种展览的讲解，编辑出版《通辽市文博》简报。
主任：张秀杰

技术部
负责馆内收藏文物的检测、修复、复制、养护等工作。
主任：闫洪森

保卫部
负责馆舍及文物的安全。防盗、防火。
主任：陈永生

会展中心
负责日常的对外联络和来宾的接待工作及馆内各项活动的部署、各种会议的筹备和安排。
主任：李国锋

文物考古研究中心
职责：
主任（副馆级）：贲鹤龄